Kanal tedavisini uygulamaya geçmeden önce, diş hekimi dişin durumunu analiz edip sorunu belirler ve hastaya yapılacak olan tedavi hakkında bilgiler verir. Kanal tedavisinin ilk aşaması hastanın herhangi bir ağrı hissetmemesi için tedavinin yapılacağı bölgenin uyuşturulmasıdır. Sonrasında, tedavisi amaçlanan dişlerde dolgu var ise bunlar çıkarılır; çürük var ise, bunlar giderilir dişin iç kısmında oluşan bakteriler ve buradaki sinir dokusu özel kanal tedavisi enstrümanlarıyla hassas bir şekilde çıkarılır. Ardından atıklar ve toksinlerin temizlenir.
Bu işlemlerden sonra ince aletler yardımıyla kök kanal içerisinde bulunan sinir ve damar dokuları temizlenir. Bu işlem sırasında, diş kökünün temiz tutulması için dezenfektanlar kullanılır. Bozulmuş olan pulpa yapısının çıkarılması diş ve çevresindeki dokularda enfeksiyon olmaması için gereklidir. Eğer çıkarılmazsa diş kaybedilebilir. Diş röntgeninin çekilmesi kök kanal tedavisinde doğru tedavinin uygulanabilmesi ve tam anlamıyla kökün uç kısmına ulaşmak için yapılmalıdır. Hamile olan hastalara kurşun önlük giydirilerek film çekilir. Diş hekimi, tedavi için bütün temizleme işlemlerini bitirdikten sonra kanalı genişletir ve yeniden şekillendirir. Son olarak bütün işlemlerin tamamlanmasının ardından, tedavi planı çıkarılır, kanal tedavisinin tek seans veya çok seans olmasına karar verilir.
Tedavi sonrasında dişte hafif sızlama, ağrı ve hassasiyet hissedilebilir, bu durum normal ve geçicidir. Hatta bazı durumlarda bir ağrı kesici alınabilir ama bu durum mutlaka hekime bildirilmelidir. Hastanın normal uygulanan ağız bakımı dışında ayrıca bir bakım veya bir uygulama yapmasına gerek yoktur. Kanal tedavisi, kişinin günlük hayatını etkileyen veya ağız sağlığı konusunda tehlike yaratan bir işlem değildir. Kanal tedavisi yapılan dişlerde, özellikle kanal tedavisi yapılmış ve kökünde lezyon olan dişlerin iyileşmesi iki yıla kadar sürer. Bu yüzden hastaların düzenli olarak kontrollerini yaptırmaları gerekmektedir. Düzenli olarak yapılan bu kontrollerde filmler çekilerek iyileşmenin ne aşamada olduğuna bakılır. Bu yüzden hastaların tedavi yapılan dişleri kullanırken dikkat etmesi ve diş hekimi kontrollerine özen göstermeleri gerekmektedir. Ayrıca kanal tedavisi yapılan dişler kırılgan olur ve hastalar bu kırılgan dişleri kullanırken dikkat etmelidir. Kanal tedavisi yapılan dişlerde madde kaybı %55 den daha fazla ise bu dişlerde kaplama tedavisi dişlerin kırılmaması için önerilmektedir.